Pirmās liecības par Nēķena jeb Nēķina muižu rakstītos avotos datētas ar 15.gs. 1426.g. arhibīskaps Hennings šo muižu (toreiz ar nosaukumu Gerslau) piešķīra Johanam Frogtam. 1856.g. muižu savā īpašumā ieguva Heinrihs Panders. Panderu dzimtai tā piederēja līdz pat agrārajai reformai 20.gs. 20.gados. Pašreizējais Nēķena muižas apbūves ansamblis veidots 19.gs. 2. pusē, nomainot iepriekšējo, apmēram simts gadus veco apbūvi. Nozīmīgākās ēkas celtas Gaujas senkrasta terases malās, bet vairums saimniecības ēku – upes abu krastu nogāzēs.
Pēc arhitekta R.G. Šmēlinga projekta kungu māja būvēta 19.gs. 80.gados Heinriham Panderam historisma stilā. Par iedvesmas avotu arhitektam kalpojušas itāļu renesanses villu arhitektūras formas. Fasāžu apmestās detaļas sekmīgi apvienotas ar ķieģeļu mūrējumu. Muižas kompleksā ietilpst kungu māja, divdesmit saimniecības ēkas un parks.
Pie Nēķena muižas saglabājies 19.gs. veidots ainavu parks. Platība – 3,7 ha. Parks stipri pārveidots. Saglabājušās vairākas paralēlas koku rindas un atsevišķi brīvi plānoti parka fragmenti Gaujas krastā. Parkā stādītas vietējās un svešzemju sugas.
